A série acompanha os bastidores das operações do FBI em NY, onde os agentes Maggie Bell, Omar Adom e equipe buscam manter a cidade e o país a salvo.
F.B.I. acompanha um grupo de agentes especiais da filial do FBI em Nova York, os quais usam todos os seus talentos e experiência para garantir a proteção da cidade e do país. Os membros dessa unidade de elite lutam contra o terrorismo, o crime organizado e a contra-espionagem. Entre eles está Maggie Bell (Missy Peregrym), uma profissional reconhecida por sua inteligência, sua sensibilidade com as pessoas e seu raciocínio rápido. Ela é uma candidata segura para uma rápida ascensão no meio corporativo.
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Com seu parceiro Omar Adom "OA" Zidan (Zeeko Zaki), o caso se mostra um pouco diferente: ele passou dois anos disfarçado antes de ser subitamente retirado da DEA (Agência Antidrogas) e transferido para o FBI. Embora seja um agente de primeira classe como Bell, ele tem a reputação de ignorar regras e hierarquias em momentos de tensão. Quando um ataque a bomba em um bloco de apartamentos abala a Big Apple, os dois saem em busca do autor do crime. Mas o que realmente está por trás do atentado? Foi uma ação terrorista ou é uma conspiração em andamento que supera todo o resto? Juntos, Bell e OA vão atrás de pistas e logo se metem em situações perigosas, arriscando suas próprias vidas no processo.