A trama se desenrola no início dos anos 2000, quando a saída de um jovem traficante da prisão coloca a Cidade de Deus novamente em disputa. Os moradores se veem presos entre traficantes, milícias e autoridades públicas, mas a necessidade de escapar desse ciclo faz com que a comunidade se una para enfrentar o opressor.
Cidade de Deus: A Luta Não Para é uma continuação do premiado filme de mesmo nome. Baseada na obra do escritor Paulo Lins, o spin-off se passa vinte anos depois dos acontecimentos do longa-metragem, no começo dos anos 2000. A partir das memórias de Buscapé (Alexandre Rodrigues), a produção retrata o impacto dos conflitos entre policiais, traficantes e milicianos na vida dos moradores da comunidade. A história volta às telas a partir do saída do jovem traficante Bradock (Tiago Martins) da prisão. Ele decide tentar recuperar o controle do morro das mãos do chefe Curió (Marcos Palmeira), colocando os moradores da Cidade de Deus no meio do fogo cruzado entre a milícia, o tráfico e as autoridades do Rio de Janeiro. Inconformados com a situação, a comunidade se une para impedir que o pior aconteça. Buscapé, que já não mora mais na CDD mas segue sendo querido pelos moradores, continua a registrar a realidade de lá com sua inseparável câmera.